やり方
gnuplotを使うとき，たくさんのtxtファイルを作成してはいないでしょうか？
例えば，
plot "hoge.txt" u 1:2 with points lc "red", \
"aaa.txt" u 1:2 with lines lw 1
みたいな．
txtをメモ帳や秀丸で開こうにも，やはり表計算ソフトであるExcelから開けたほうが楽ではるでしょう．
そこで，Excelから開きやすいcsv, tsvファイルの使用を提案します．
といっても，要するに普段開いているtxtをExcelで開くだけ．
拡張子をcsv, tsvに変えればOKです．
csvはComma Separated Value．tsvはTab Separated Valueの略称です．tsvは聞き馴染みないかもだけど，データがカンマじゃなくてタブで区切られてるだけのテキストファイルです．
ちなみにgnuplotは通常時はタブでデータの列を見分けているので，普通に処理するにはtsvを使えばいいかと思います．
ただし，tsvよりメジャーなcsvを使いたいというあなた．
set datafile separator ","
を入れてやると，csvでも処理できそうです．
カラム名について
データの1列目がなんの値だっけなぁってなりませんか？
きちんとカラム名を使えば，回避できる問題です．
すなわち，
hoge.csv
data1,velocity,a
12,0.4,1
63,0.68,2
:,:,:
みたいなデータが合ったとして，
set datafile separator ","
plot hoge.csv u 1:2
とするのではなく，
set datafile separator ","
plot hoge.csv u "data1":"velocity"
みたいにするといいでしょう．
参考