その1 : Google imeを導入する

まずGoogle IMEをダウンロードしてインストールしてください。
https://www.google.co.jp/ime/
以下でGoogle IMEの設定を変更することで、Markdownの日本語入力を格段に楽にする事ができます。
またMacの標準IMEよりも予測変換が優れているので、Markdownを使用するしないに関わらずおすすめです。

その2 : IME設定を変更する

これだけでMarkdownが恐ろしく捗ります。
IMEをクリックし、そこから環境設定に進みます。

必須設定1 : スペースの入力を半角化

環境設定で「スペースの入力」を半角にします。
こうすることで日本語モードでもスペースが全て半角で入力されます。

必須設定2 : 記号の入力を半角化

「入力補助」画面中の下段にある、全角半角の入力設定を変えていきます。
ここで設定を変えた記号は、日本語モードでも全て半角で入力されます。
赤いチェックマークは半角化必須です。
推奨の項目についても基本好みがなければ変えておいたほうが便利です。
(全角数字とか全く使わないのは私だけでしょうか?)

まとめ

これらの設定を変えるだけで、余計な変換や全角/半角の切り替えが必要なくなるので、マークダウンでの日本語入力が格段に楽になります。
まだ設定していない人は是非試してみてください。