(気が向いた時に加筆します．)
何をすべきかというのは，好みの問題もありますが．
基本的な設定
ワークスペースのテキストエンコーディング
Preferences の General - Workspace Text file encoding は，デフォルトの設定が，ホスト OS によって値が変わります．
複数人で開発する場合，または複数OSで使う場合には独り開発でも，文字化けファイルを作る原因になります．
設定する癖をつけたほうが安全です．
ちなみに，プルダウンの選択肢には出てきませんが，「 EUC-JP 」と直打ちすることで，EUC-JP を使うこともできます．
その右隣りにある改行コードの設定も，開発チームの方針次第で，行っておくとよいかもしれません．