FileMakerのODBCドライバのバージョンによってはマルチバイト文字列をうまく処理が出来ないものがあります。
FileMakerPro11の同封ODBCドライバではこれを解決出来ません。
古い方をアンインストールした後、新しいバージョンのODBCドライバをダウンロードしインストールした後、ODBCデータソースアドミニストレータで「テキストフィールドをlong varcharとして記述」チェックボックスにチェックを入れて接続しましょう。(古い方にはこの項目がありません。)
FileMaker 11.3.76 xDBC クライアントドライバ
http://filemaker-jp.custhelp.com/app/answers/detail/a_id/9269/~/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2-%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%87%E3%83%BC%E3%83%88%EF%BC%9Afilemaker-11.3.76-xdbc-%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%89%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%90
また、このODBCドライバは32bitですので、64bitのwindows上で設定するときは、
C:\Windows\SysWOW64\odbcad32.exe
で設定可能です。
