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ILMergeは、dllとexeをまとめて一つの実行ファイルにするコマンド。
ILMergeからダウンロードできる。

使用方法

ILMerge /out:piyo.exe hoge.exe foo.dll bar.dll foobar.dll

pdbファイルを生成したくない場合

/ndebug をつける。

ILMerge /ndebug /out:piyo.exe hoge.exe foo.dll bar.dll foobar.dll

An exception occurred during merging: が表示される場合

/targetplatform をつける。
v4の場合は

ILMerge /ndebug /targetplatform:v4 /out:piyo.exe hoge.exe foo.dll bar.dll foobar.dll

ワイルドカードを使いたい場合

/wildcards をつける。

ILMerge /ndebug /targetplatform:v4 /wildcards /out:piyo.exe hoge.exe *.dll

参考

アプリケーションのEXEファイルやDLLファイルを1つにまとめるには?
ILMergeのエラー回避
実行ファイルとDLLを一つにまとめる