【DICOM】DICOM画像を.jpg/.pngファイルとして書き出し、保存する

１. Pillowをインストールする

$ pip install Pillow

２. ファイルに書き出し、保存する

png形式で保存したい場合は、拡張子を .png にしてください。

sample.py

import pydicom
from PIL import Image

# dicomファイルを読み込む
file = pydicom.dcmread('ファイルパス')
# 画像処理
img = file.pixel_array
pil_img = Image.fromarray(img)
# 保存したい場所、ファイル名を引数に設定
pil_img.save('ファイルパス/original_dcm.jpg')

３. 補足

■ TypeError: Cannot handle this data type

ndarrayのデータ型がdtypeやfloatの場合はエラーになることがあります。この場合、unit8に変換すると解決します。

sample.py

import numpy as np 

pil_img = Image.fromarray(img[0].astype(np.uint8))
pil_img.save('ファイルパス/original_dcm.jpg')

■ DICOMファイルにRGBが欠けている場合

sample.py

pil_img = Image.fromarray(img)
new_pil_img = pil_img.convert('RGB')
new_pil_img.save('ファイルパス/original_dcm.jpg')

■ DICOMファイルにNumberOfFramesタグが欠けている場合

pixel_arrayを取り出す前に以下を実行します。

sample.py

file = pydicom.dcmread('filepath')
file.NumberOfFrames = '31'
file.PixelData = file.PixelData * 31
img = file.pixel_array

pil_img = Image.fromarray(img)
pil_img.save('ファイルパス/original_dcm.jpg')