【DICOM】【入門】Pydicomの使い方

はじめに

はじめてPydicomでDICOMファイルをどうにかしたい！という方向けです。
ここでは、Pydicomのインストール方法、DICOMファイルの情報表示・画像表示の方法までご紹介します。

１. Pydicomをインストールする

$ pip install pydicom

２. DICOMのメタデータを表示する

まず、JIRAが公開しているDICOMサンプルデータをダウンロードしましょう。（どれか１つ選んでください。）
DICOMのメタデータには、患者情報、モダリティ情報など様々な情報が詰まっています。
メタデータ一覧はこちらから確認できます。

■ 全メタデータを表示する

example.py

import pydicom

file = pydicom.dcmread('sample/sample.dcm')

print(file)

出力結果

Dataset.file_meta -------------------------------
(0002, 0000) File Meta Information Group Length  UL: 174
(0002, 0001) File Meta Information Version       OB: b'\x00\x01'
(0002, 0002) Media Storage SOP Class UID         UI: Computed Radiography Image Storage
....

■ 特定のメタデータのみ表示する

特定のメタデータのみ表示するには、keywordで指定する方法・タグで指定する方法の２種類あります。

example.py

import pydicom

file = pydicom.dcmread('sample/sample.dcm')

print(file.PatientName)           # keywordで指定
print(file.[(0x0010, 0x0010)])    # タグで指定

ちなみに、keywordの確認はこのようにできます。

example.py

ds[0x00100010].keyword
# 'PatientName'とコンソール出力される

３. DICOM画像を表示する

DICOM画像の表示には、Matplotlib、GDCM、pylibjpegが必要なのでインストールしておきます。

$ pip install matplotlib
$ pip install -U python-gdcm
$ pip install pylibjpeg

■ 画像を表示する

example.py

import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt

file = pydicom.dcmread('sample/sample.dcm')
img = file.pixel_array
plt.imshow(img)
plt.show()

■ ウィンドウ処理をして画像表示する

ウィンドウ処理とは、幅広い幅の画素値を持つ画像のある特定の濃度域のみを，表示系の濃度域［0（暗）～255（明）］に変換して表示する処理のことです。

つまり、画像を見やすくするために、コントラストや明るさを調整する処理のことを指します。

DICOMデータに、WindowCenterやWindowWidthなどのデータがある場合はこの処理を行なったほうが良いです。

example.py

import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt

file = pydicom.dcmread('filepath')
wc = file.WindowCenter
ww = file.WindowWidth
img = file.pixel_array

#ウィンドウ処理
window_max = wc + ww /2
window_min = wc - ww /2
img = 255*(img-window_min)/(window_max - window_min)
img[img > 255] = 255
img[img < 0] = 0
plt.show(img)
plt.show()