方法はふたつ
(1) Specs.gitを削除する
source 'https://github.com/CocoaPods/Specs.git' # ←これを消す
(2) Specs.gitに加えて、repo addしたリポジトリもsource指定する
# pod repo add hogehoge https://github.com/hogehoge..
source 'https://github.com/CocoaPods/Specs.git'
source 'https://github.com/hogehoge..' # ←追加する