Qiime2をつかいたい
- Windows10 もしくはWindows11にqiime2の環境を構築する方法をメモ書きする。
準備編
まずはqiime2をうごかすためのUbuntuをうごかすための、Windowsの設定をしよう
- WSL2の有効化
Windowsの検索バーに
windowsの機能
と入力して出てくるWidowsの機能の有効化または無効化から
・仮想マシンプラットフォーム
・Windows Subsystem for Linux
にチェックを入れる。
準備おわり。
Ubuntuをインストールする
qiime2を動かすUbuntu22.04をインストールしよう！
- Ubuntuのインストール
Windowsの検索バーに以下を入力
Microsft Store
出てきた画像のアプリを起動する。
検索欄に
Ubuntu
と入力して出てくる「Ubuntu 20.04.6 LTS」を選択・入手を押す。
ここでエラーが出る場合はMicrosoft Storeにログインできているか確認する。
初期設定編
Ubuntuがインストールできたら初期設定をしよう
- Ubuntuの初期設定方法
検索バーにUbuntuといれ、出てくる「Ubuntu 20.04.06 LTS」を起動
すると以下のような画面が開く。
これはユーザーネームを入れるところなので、好きなユーザーネームを入れる。今回は
test_user
にした。
できたらエンターキーを押そう。
つぎはこんな画面になる。
これはパスワードを求められている。新しく設定しよう。大事なのはわかりやすく、忘れないこと。今回は
himitsu
ひみつです。
入力した後にエンターを押すともう一回いれて、と出てくる。パスワードは入力しても見えないので注意。もう一度入力する。
こんな画面が出たら成功
自動で↓が出てくる。成功。
何か入力するときは必ず$の後ろに入力する。準備編終了。
使いこなす編
初期設定が終わったらいよいよ使っていこう
- まずはアップデートするよ。両方実行しよう。
以下をコピーして、Ubuntuの入力できるところで右クリックすると貼り付けできる。
sudo apt undate -y
最初はパスワードを求められる。準備編で決めたパスワードを入力したらエンター。
Doneになっていれば成功。
次はアップグレード。
sudo apt upgrade -y
こんどはパスワード聞かれないと思う。
DoneになったらOK.
- つぎはqiime2をインストールするためのwgetをインストールする
以下を入力
sudo apt install wget git curl build-essential -y
こんな感じになればOK.
ここまでできたら、いよいよqiime2をインストールするよ。
以下を入力。（コピーしてUbuntuで右クリック）
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
こうなったかな？
次は以下を入力
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
エンターを押すと以下になる。
あせらず、エンターを押す。
こんな画面になるので、moreが出なくなるまでエンターを押し続けよう。（たぶん200回ぐらい）(同意書なので読むこと())
こうなったら、以下を入力
yes
これが出たらエンターを押す。そしたらインストールが始まる。(qiime2を使うためのソフト)
次はこんな画面↓。これもyesと入力してエンター。
yes
これ↓が出たら完璧！次に進もう！
次は以下を入力
bash ~/.bashrc
↑でOK
インストールされているか確認してみよう。
いったんUbuntuを終了して、もう一回アプリを立ち上げます。←大事
立ち上げたら、以下を入力
conda list
↑でOK。
ここまででminicondaのインストール終了！おめでとう。おつかれさま。
念のためアップデートを確認します。以下を入力
conda update conda
個の画面が出てきたら
y
と入力してエンター
↑これでOK
- いよいよqiime2をいれよう
以下を入力します！
conda env create -n qiime2-amplicon-2024.10 --file https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml
↑で固まりますが、辛抱強くまとう。
↓の画面が出るまでノータッチ。多少時間がかかります。
もう少し！
以下を入力
conda activate qiime2-amplicon-2024.10
↑のように＄の前に名前が入れば完了。
以下でちゃんと入ったか確認しよう
qiime info
少し小さいけど、この画面になれば完了！
さいごに
参考にさせていただいたサイト
-
次から使うときははじめに
conda activate qiime2-amplicon-2024.10
でqiime2に入ってから使おう。