気になった警告
kubectl apply時に
Warning: kubectl apply should be used on resource created by either kubectl create --save-config or kubectl apply
というWARNが出現することがあるので原因を調査。
なお設定ファイルの変更はできているので結果に影響はない。
WARNの意味は「kubectl applyコマンドは『kubectl create --save-config』または『kubectl apply』で作成されたリソースに対して実行しなさい」
結論
設定ファイルを「kubectl create」で作成していて、作成から初めて実行した「kubectl apply」だったため。
調査
kubectl applyの挙動
kubectl applyは、変更する設定ファイルに対し「過去(前回)」「現在」「未来(適用しようとしているもの)」の3つの設定の状態から差分を計算し、反映する。
「過去」の設定は「現在」の設定のannotationに保存されている。 
create → applyしたとき
「kubectl create」で設定ファイルを新規作成すると、annotationの無い設定が作成される。
kubectl create -f my-sevice-secret.yaml
この新規作成したファイルに変更を反映するため「kubectl apply」を実施する。
kubectl apply -f my-sevice-secret.yaml
するとannotationが無い=「過去」の探索ができず、「現在」と「未来」の2つの状態からしか差分を作れない。
ここで先のWARNが表示される。
WARNの意味
「kubectl create」に「--save-config」オプションをつけると、作成した「現在」の状態の設定をannotationに保存する。
よって、「kubectl apply」で変更を反映しようとしたときも「過去(実際は現在)」「現在」「未来」の3方向全てから差分を作成できる。
kubectl create -f my-sevice-secret.yaml --save-config
または、「kubectl apply」(edit, replaceなども)は自動的にannotationを保存するので、applyコマンドで新規に作成しても結果は同じになる。
kubectl apply -f my-sevice-secret.yaml
WARNは「kubectl applyコマンドは(過去・現在・未来3つともから差分を計算するために)『kubectl create --save-config』または『kubectl apply』で作成されたリソースに対して実行しなさい」という意味(だと思います)

回避方法
新規作成時に以下のどちらかで実行すること
もしオプションを付け忘れたcreateで作ってしまっても、warnが出るだけなので特に影響はないはず
# applyなら自動的にannotationが生成される
$ kubectl apply -f my-sevice-secret.yaml
# --save-configオプションでannotationに現在の設定を保存する
$ kubectl create -f my-sevice-secret.yaml --save-config
関連記事・参考
https://kubernetes-v1-4.github.io/docs/user-guide/kubectl/kubectl_create/
https://kubernetes.io/docs/concepts/cluster-administration/manage-deployment/#kubectl-apply