1. 以下のファイルを作る。

cmd_alias

cat=type $*
cp=copy $*
ls=dir $*
mv=move $*
pwd=cd $*
rm=del $*

置く場所は%SystemRoot%にしてみる。
例）C:\Windows

コマンドマクロと言うものらしい。
拡張子はなんでもよい。
ここでは拡張子はなしとした。

コマンドマクロファイルの中でお好きなLinuxコマンドとWindosコマンドプロンプトコマンドを紐づけてあげればよい。

vi=vim $*

なんかも良い。

2.レジストリエディタを起動。

以下に移動。
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Command Processor

右クリック > 新規(N) > 文字列値(S)

値の名前を「AutoRun」とする。
値のデータは以下の通り
doskey /macrofile=%SystemRoot%\cmd_alias

これだけ。