新しいOSを作ると、互換性がなくなかなか広がらないということがあります。
例えばSumsungのTizenはとてもいいOSでしたが、AndroidとiOSにはかないませんでした。
なぜかというと、ユーザーは使っていたアプリなどを新しいスマホでも使いたいからです。
一方で、うまく行っている例もあります。ChromeOSです。
Chrome OSはブラウザだけが動くOSで、アプリはウェブアプリなので、ブラウザさえ作ってしまえばChrome OSで動くアプリは動くということになります。
そして、ネイティブアプリを作ってくれる開発者が少しづつ増えていけば、syscallをしてくれるアプリが増えてうれしいなってなります。
もう一つの方法は、エミュレータを作るという方法です。
QEMUなどを使うのがいいと思います。
こうすればLinuxアプリが動くので、問題ありません。