デフォルトの挙動

既存のマークダウンが正しく動作しないと思い、色々試していたらmkdocsでは箇条書きや番号付きのリストには半角スペース4つ必要とのことです。

スペース2つにする方法

Python-Markdown 拡張のmdx_truly_sane_listsをインストール

pip install mdx_truly_sane_lists

mkdocs.ymlに設定を追加

markdown_extensions:
    - mdx_truly_sane_lists:
        nested_indent: 2

なぜスペース4つ？

結果から言うと、今更ですが、マークダウンの構文規則には「4つのスペースまたは1つのタブ」が正しいようです。

mkdocsは内部的にはPython Markdownを利用しているため、そっちのプロジェクトのトップページを確認したところIndentation/Tab Lengthに説明が書いてありました。
そこの説明にはtab_lengthで2つにすることもできる感じですが、mkdocsに該当のオプション無いですね・・・

新たなる問題

私はPDFも作るのでmkdocs-with-pdfも利用していたのですが、そっちでは箇条書きのリストが正しく表示されないので、別途調べてみます。

参考URL