オプションを追加したくなったらこれを読みましょう。
https://autotools.io/autoconf/arguments.html
--with-X[=/path/to/x]/--without-X は、X という依存(ライブラリ等)の場所を指定したり、そのライブラリを使わないことを指定します。
何かのライブラリを使わない結果として何かの機能が有効化／無効化されることはあるかもしれませんが、 X 自体は依存するものの名前で、機能の名前ではありません。
--enable-Y/--disable-Y は、Yという機能の有効／無効の指定をします。何かの機能を有効／無効にした結果として依存ライブラリが増えたり減ったりすることがあるかもしれませんが、Yは機能の名前であって依存の名前ではありません。
さて、Python をビルドする時の最適化オプションに --enable-optimization, --with-lto があるんですが、後者は --enable-lto にするべきだったなーとちょっと後悔しています。
一度間違えると、世界中にある Python をビルドするためのスクリプトがすでに --with-lto を使ってるかもしれないので、なかなか直せないんですよね。
なのでオプションを追加するときはよく考えましょう。