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【R Studio server】 Leaflet をInstallするときの 'libproj.so.15: cannot open' 'proj_api.h you must define' エラーに対処する

Last updated at Posted at 2022-05-05

Centos7サーバーの
R Studioで
install.packages("leaflet")
を行おうとすると下記エラーが出ます。

checking PROJ: checking whether PROJ and sqlite3 are available for linking:... yes
./proj_conf_test: error while loading shared libraries: libproj.so.15: cannot open shared object file: No such file or directory

問題解決のために参考にしたのは下記サイト。
https://amisha2016.wordpress.com/tag/osm2pgsql-error-while-loading-shared-libraries-libproj-so-0-cannot-open-shared-object-file-no-such-file-or-directory/

# find -name libproj.so.15

でどこにあるかを調べます。
返ってくる答えは

# ./usr/local/lib/libproj.so.15

上記を参照するシンボリックリンクを張りました。

# ln -s /usr/local/lib/libproj.so.15 /usr/lib/libproj.so.15

この後, R Studioに戻って再び

install.packages("leaflet")

すると新たなエラーが表示。(先ほども表示されていたのですが)

In file included from RcppFunctions.cpp:26:0:
/usr/local/include/proj_api.h:37:2: エラー: #error 'To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
 #error 'To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'

https://stackoverflow.com/questions/67518451/accept-use-of-deprecated-proj-api-h-error-when-installing-cartopy
を参考にして下記を実行。proj_api.hのバックアップを一旦とっておいて、vim(テキストエディタ)を使って書き換える作戦です。

# cp /usr/local/include/proj_api.h /usr/local/include/proj_api.h.backup
# vim /usr/local/include/proj_api.h

上記を実行してproj_api.hを覗いてみます。

ちなみにvimの使い方は私自身、全く慣れていませんが、下記を参照にさせて頂きました。
https://www.rouge.gr.jp/~fuku/tips/editor/

本格作業の前に少し試してみます。
下記は次の画面コピーのようにカーソルのある行を試しに書き換えた結果です。

#error 'To use the proj_api.h .................

#error 'Hello To use the proj_api.h .................

image.png
↑上記画面はHello を追記した後の様子です。

このように試しにvimを使って書き換えて、 R Studioに戻って再び
install.packages("leaflet") を入力すると、Helloの文字が出現します。エラーメッセージはここから読みだされていたのですね。
なんだ、そのような仕組みなのかと理解しました。

In file included from RcppFunctions.cpp:26:0:
/usr/local/include/proj_api.h:37:2: エラー: #error 'Hello To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
#error 'To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'

理解したところで、確信を抱きつつ作業開始。
再びvimを起動して下記の中の#error 'Hello .... を

/*
  * This version number should be updated with every release!
  *
  * This file is expected to be removed from the PROJ distribution
  * when a few minor-version releases has been made.
  *
  */

#ifndef ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H
#error 'Hello To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
#endif

#ifndef PJ_VERSION
#define PJ_VERSION 620
#endif

#ifdef PROJ_RENAME_SYMBOLS
#include "proj_symbol_rename.h"
#endif
In file included from RcppFunctions.cpp:26:0:
/usr/local/include/proj_api.h:37:2: エラー: #error 'Hello To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
 #error 'Hello To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'

下記のように(#define ACCEPT_USR_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H 1)書き換えました。(前後関係がわかるようにしています)

/*
  * This version number should be updated with every release!
  *
  * This file is expected to be removed from the PROJ distribution
  * when a few minor-version releases has been made.
  *
  */

#ifndef ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H
#define ACCEPT_USR_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H 1
#endif

#ifndef PJ_VERSION
#define PJ_VERSION 620
#endif

#ifdef PROJ_RENAME_SYMBOLS
#include "proj_symbol_rename.h"
#endif
In file included from RcppFunctions.cpp:26:0:
/usr/local/include/proj_api.h:37:2: エラー: #error 'Hello To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
 #error 'Hello To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'

これでやっとLeafletがインストールされました。
実は知識不足の為か、これらの問題解決に1週間かかりました。

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