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Moutain LionではGatekeeperが手厚くMacを守ってくれるようになったので「開発元が未確認のため開けません。」あるいは「Mac App Store からダウンロードされたものでないため開けません。」と言われてアプリを実行できないことがあります。

追記

Finder上でアプリケーションアイコンを右クリックしてOpenを選択した方が手っ取り早いですね。
コメントでfmhr@githubさんに教えていただきました。ありがとうございます！

手順

たとえばeclipseの初回起動時には↓のようなダイアログが表示され、起動することができません。

そのためシステム環境設定からGatekeeperのオプションを一時的に変更してあげます。

これでアプリケーションを実行できるようになりました。

アプリケーション起動後はGetekeeperのオプションをデフォルトに戻しておくことをおすすめします。
※一度実行したアプリケーションは次回からブロックされません。