以前からWarning: brew bundle is unsupportedと表示されていたhomebrewのbrew bundleがついに使えなくなったっぽいので、
その場しのぎですが、公式リポジトリのbrew-bundle.rbをコピーして使えるようにしました。
brew tap matsu-chara/brew-bundle
install brew-bundle
とすれば、
brew bundle
できるはずです。
何も手を加えてないので、そのうち問題が発生すると思いますが、とりあえずこんな感じで対処しました。
追記
homebrew/boneyardに、今までの廃止されたコマンドとformulaが保存されているようです。
bundle以外のもろもろも含めた入れたい場合は、上記の方法の代わりに
brew tap homebrew/boneyard
とすることでbrew bundleが使えるようになります。（この場合はbrew install brew-bundleは不要です）
追記2
brew bundleが削除（boneyardに移動）されることになったのかについての議論はhttps://github.com/Homebrew/homebrew/issues/28657 にあります。
ざっくり言うと、contributeされたコマンドについてのissuesやプルリクを受けるメンテナーがいないために、特にbrew serviceを中心に問題が色々と発生しているので、contribコマンドは全部coreのコードから切り離して管理を楽にしよう（使いたい人は外部でコマンドごとに専用リポジトリ立てて、そこでメンテしてね）というのが目的のようです。