DockerでQuantum Espresso環境構築

はじめに

新しく購入したMac miniにQuantum Espressoの実行環境を整えたい。Macに直接インストールしても良いのですが、dockerで作った仮想環境上にインストールすれば、ローカルの環境を汚さずにできるのでは？と考えました。
調べてみたところ以下のgithubレポジトリがかなり参考になりそうでした:

これを元に、dockerを使ってMac(Apple M2)上にQE v7.3.1(とPython)をインストールしてみます。

この記事ですること

• dockerを使ってQuantum EspressoとPythonがインストールされた仮想環境を構築する

この記事の対象者

• Quantum Espressoをインストールしたいけど、ローカルの環境を汚したくない人

手順

1. Dockerを使い始める
2. Dockerfileを書く
3. Dockerイメージをビルドする
4. ビルドしたDockerイメージを使ってコンテナを作る
5. そのコンテナ内で色々作業していく

動作環境

• OSバージョン
  • macOS Sonoma 14.5
• ツール
  • docker
  • Quantum Espresso 7.3.1
  • Python 3.9.4

参考資料

詳細

ステップ1: Dockerを使い始める

まず以下に従ってDocker Desktopをインストールします。
https://docs.docker.com/desktop/setup/install/mac-install/

ステップ2: Dockefileを書く

参考レポジトリのDockerfileを少し修正し、
今回は以下内容にしました。

# Dockerfile for quantum espresso ver7.3.1 and Python-3.9.4

# Use the latest Ubuntu as the base image
FROM ubuntu:latest

# Set the frontend to noninteractive to prevent interactive prompts during installation
# switch off this line for debugging
ENV DEBIAN_FRONTEND "noninteractive"

# Install necessary packages
RUN apt-get update \
    && apt-get install -y \
        git \
        vim \
        curl \
        build-essential \
        gcc \
        gfortran \
        gnuplot \
        openmpi-doc \
        openmpi-bin \
        libopenmpi-dev \
        openssl \
        libssl-dev \
        libreadline-dev \
        ncurses-dev \
        bzip2 \
        zlib1g-dev \
        libbz2-dev \
        libffi-dev \
        libopenblas-dev \
        liblapack-dev \
        libsqlite3-dev \
        liblzma-dev \
        libpng-dev \
        libfreetype6-dev

# OpenMPI configuration
ENV OMPI_MCA_btl_vader_single_copy_mechanism "none"
ENV OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT 1
ENV OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM 1

# Set working directory to /usr/local/src
WORKDIR /usr/local/src

## Python installation
RUN curl https://www.python.org/ftp/python/3.9.4/Python-3.9.4.tgz -O -L \
    && tar zxf Python-3.9.4.tgz \
    && rm -rf Python-3.9.4.tgz \
    && cd Python-3.9.4 \
    && ./configure \
    && make \
    && make altinstall \
    && ln -s /usr/local/bin/python3.9 /usr/local/bin/python \
    && ln -s /usr/local/bin/pip3.9 /usr/local/bin/pip
    ENV PYTHONIOENCODING "utf-8"
    RUN pip install pip -U \
        && pip install \
            numpy \
            scipy \
            matplotlib \
            sympy \
            pandas \
            tqdm \
            Pillow \
            ase \
            joblib \
            Cython \
            fire

RUN cd ..

## Quantum espresso installation
RUN curl hogehoge -O -L
RUN tar xvf qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz \
    && rm -rf qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz
RUN cd qe-7.3.1 \
    && ./configure \
    && make all \
    && make install

ただし最後のRUN curl hogehoge -O -Lの部分には、Quantum Espressoダウンロードページからv7.3.1のダウンロードリンクをコピーして貼り付けしてください

ステップ3: Dockerイメージをビルドする

ターミナルで以下を実行する

docker build ./ -t qe-7.3.1:latest

ステップ4: ビルドしたDockerイメージを使ってコンテナを作る

ターミナルで以下を実行する

docker run --name qe-7.3.1 -it qe-7.3.1:latest

ステップ5: そのコンテナ内で色々作業していく

Let's 作業

おわりに

dockerを使って、ローカル環境に影響を与えずにQuantum Espressoをインストールしてみました。

これから実際に色々計算してき、仮想環境上でQEを実行することのメリットやデメリット、
またどうやったら使いやすくなるかなど、気づいたことがあったら追記/記事作成していこうと思います。

コメントなどあればどしどしお願いします！