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論文まとめ:Improving Data Augmentation for Medical Image Segmentation

Last updated at Posted at 2018-08-09

はじめに

何かと話題のmixupだが、今回はmixupをsegmentationタスクに適応させたこの論文
[1] Z. Eaton-Rosen, et. al. "Improving Data Augmentation for Medical Image Segmentation", MIDL 2018
をまとめてみた。

本論文:
https://openreview.net/pdf?id=rkBBChjiG

mixupの論文:
https://arxiv.org/abs/1710.09412

コード:
著者らのコードはこのサイト内に
http://www.niftynet.io
にupされてるそう。どこにあるかは未確認だけど。。。

概要

  1. mixup を若干修正し、初めて semantic segmatation タスクに応用させた
  2. 著者らはこの augmentation を mixmatch と名付けた

miupの復習

まず mixup の復習から。

トレーニングデータとそのラベルから任意に2つのペア $(x_i, y_i)$ 、 $(x_j, y_j)$ を取り出す。

mixupしたデータはこれら2つの線形結合。

\begin{align}
x_{mixup} &= \lambda x_i + (1 - \lambda ) x_j, \\
y_{mixup} &= \lambda y_i + (1 - \lambda) y_j, \\
\end{align}

となる。 $\lambda$ は $\lambda \sim \beta (\alpha, \alpha) \ for \ \alpha \in (0, \infty) $ とベータ関数から得る。

mixup から mixmatch への修正点

mixup では、 $x_i$ と $x_j$ はランダムにサンプリングされたが、ここを修正する。

具体的には、対象物体が高い密度で写ってる画像群を $x_{I}$ 、最も低い密度で写ってる画像群を $x_J$ として、 この両者で mixup する。

mixmatch の有効性を検証

各augmentation手法と比較

BraTS 2017 datasetというのを用いて検証を行なった。

用いたモデルはBraTS 2017というコンペで2位だった a cascade neural network[2] 。

メトリクスは dice score。結果以下のようになった。

mixmatch_img01.png

nomixはaugmentationなし。augはrotation、横flip、zoomのみ。mixupはmixupのみ。mixmatchはmixmatchのみ。

mixupとmixmatchの性能がいい。

勾配を用いての有効性検証

\frac{\partial L}{\partial p_i}(\lambda x_i + (1-\lambda) x_j) \approx \lambda \frac{\partial L}{\partial p_i}(x_i) + (1 - \lambda)\frac{\partial L}{\partial p_i}(x_j)

と考えて、 $\lambda$ を変化させて右辺と左辺を図示したものが以下。

mixmatch_img02.png

上記式の右辺はmini-batchを増やしたようなものなのだが、これに左辺の値は似ている。特に $\lambda$ が0や1に近い時。

まとめ

mixup や mixmatch は semantic segmentation でも有効。

個人的感想

mixupにしてもmixmatchにしてもsemantic segmentationタスクで有効性が示されたのは大きいね〜。

実装も簡単だし、他のaugmentationと組み合わせて使っていきたい。

ただmixmatchにすべきか、mixupのままでいいのかは要検討。

reference

[2] G. Wang, et. al. "Automatic Brain Tumor Segmentation using Cascaded Anisotropic Convolutional Neural Networks" CoRR, 2017

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