キータの記事が一番最初に出てこないので書きますが、yum update掛けて失敗する場合は、rpmパッケージのDBが重複している場合があります。

エラーメッセージ

"エラー: Trying to remove "yum", which is protected
問題を回避するために --skip-broken を用いることができません"

"Found X pre-existing rpmdb problem(s), 'yum check' output follows:"

"XXXX は XXX の複製です"

"XXX 次の要求が不足ています"

問題点は何か？

yumをやったのにRPMがコンフリクトしていることが問題です。

解決方法

RPMのDBを空っぽにして、もう一回yum updateしましょう。

詳細手順

XXXはエラーを吐いた任意のファイル名です。詳細なバージョンの数字は入れず文字列だけ指定しましょう。
1.rpm -e --nodeps --allmatches --justdb XXX
2.rpm -q XXX
3.上記1,2を繰り返えす。もしくはXXXを**にしてワイルドカードで全部消す。危険だけど。
3.rpm --rebuilddb
　DBを再構築する。
4.yum update
もう一回アップデートを掛ける。
5.rpm -qa | grep XXX
　該当アプリケーションがちゃんと1個だけ入っているのか確認する。

これで、上手くいきます。今時CentOS使う人は少ない（Debian系が多いだろうから）ので、こういう問題にぶち当たる人は少ないと思いますが、ログっておくのが良いなと思いました。