参考にしていたサイトがなくなってしまったので、こちらに掲載。
1. 対象ファイルを検索
M-x find-name-dired
Find-name (directory): ~/path/ （対象ディレクトリを入力）
Find-name (filename wildcard): * （ファイル名の検索パターンを入力。この場合は全部選択）
*Find*バッファに、対象ファイルの一覧ができる。
2. 対象ファイルを選択
t (toggle-mark)を押して全て選択。
3. 置換
Q を押す。
Query replace regexp in marked files: foo （置換される文字列を入力）
Query replace regexp in marked files foo with: bar （置換する文字列を入力）
置換箇所ごとにプロンプトが出るので、置換するならy、しないならnを入力。
全部置換するなら大文字でYを入力。
4. ファイルを保存
C-x s
! を押して全て保存。