獣医師が必死にバイオインフォマティクスPythonによる実践レシピをwin10で動かす（その2）

rpy2によるRの実行

下記コードを実行せよと書かれている

!rm sequence.index 2>/dev/null
!wget -nd ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/historical_data/former_toplevel/sequence.index -O sequence.index

winでwgetが使えないので、しょうがなく普通にDL
普通に長いので経過を表示するプログラムも借りて作成

DL.py

import urllib.request
from colorama import init, Fore, Back, Style

# 進捗を表示させるためのコールバック関数
# イメージ：[=====>    ] 50.54% ( 1050KB )
def progress_print(block_count, block_size, total_size):
  percentage = 100.0 * block_count * block_size / total_size
  # 100より大きいと見た目が悪いので……
  if percentage > 100:
    percentage = 100
  # バーはmax_bar個で100％とする
  max_bar = 50
  bar_num = int(percentage / (100 / max_bar))
  progress_element = '=' * bar_num
  if bar_num != max_bar:
    progress_element += '>'
  bar_fill = ' ' # これで空のとこを埋める
  bar = progress_element.ljust(max_bar, bar_fill)
  total_size_kb = total_size / 1024
  print(
    Fore.LIGHTCYAN_EX,
    f'[{bar}] {percentage:.2f}% ( {total_size_kb:.0f}KB )\r',
    end=''
  )

def download(url, filepath_and_filename):
  init()
  print(Fore.LIGHTGREEN_EX, 'download from:', end="")
  print(Fore.WHITE, url)
  # コールバックでprogress_printを呼んで進捗表示
  urllib.request.urlretrieve(url, filepath_and_filename, progress_print)
  print('') # 改行
  print(Style.RESET_ALL, end="")

url = 'ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/historical_data/former_toplevel/sequence.index'
download(url, './sequence.index')

なんか矢印が動いているのを見ると楽しい。