Bioconatinersは、biocondaにあるパッケージをコンテナにするプロジェクトで
だいたいdockerコンテナになっています。
ほとんどのdockerコンテナは、quay.ioで公開されていた気がします。
docker hubは、あまりにイメージが多いためだったか、ビルドが遅いからだったかで、
そんなにつかわれていなかったと記憶しています

Biocontainersは以下が公式サイトです。
https://biocontainers.pro/#/registry

コンテナ化されているかなどは、以下で探せます
https://biocontainers.pro/#/registry

また、Biocontainersのsingularityに変換されたものはこちらにあります。
Galaxyのアドレスになっていますが、biocondaとbiocontainersとgalaxyの中心人物は
たしか同一のひとだったとおもいます。
https://depot.galaxyproject.org/singularity/

バイオのツールを探すなら、
singularity hub で探すよりは、
biocontainersで、探してから、自分で変換 singularity pull するのが速いかもしれません。

Manuscript about Ten simple rules to contenarized your bioinformatics software

Recomendations to contenarized your bioinformatics software

Docker とか　Singularity なども書いてある

ypriverol/containers-rules-manuscript: Manuscript about Ten simple rules to contenarized your bioinformatics software

コンテナ一般の Best Practices

Container Best Practices

ツールごとの、入出力に関する定義

このツールを動かすには

入力がこの形式のファイル
出力がこの形式のファイル

みたいなのが、定義されているところを探しています。
ワークフローの途中でバリデーションしたり、
エディタのサポートなどに使いたいと思っています。

パラメータについても必要なのかもしれません。。

あれば、ぜひ見てみたいが、まだ見つけていないです。。。
ご存知の方がいらっしゃいましたら教えていただけるとうれしいです。

XML

WorkflowConversion/CTDSchema: Single location in which all CTD schemas are located

Common Tool Descriptors (CTDs for short) are XML documents that represent the inputs, outputs, parameters of tools in a platform-independent way.

Once a tool is represented in a CTD, it can then be imported into different workflow systems, such as Galaxy, KNIME.

See the samples folder for further information.

参考になりそうなプロジェクト

以下のプロジェクトなどを参考になりそう。

これはどうかな？

入出力について触れられている気がする。
あとは、パイプラインなんかの考えもおもしろそう

NCBI-Hackathons/SPeW: Automatic Packaging and Distribution of Bioinformatics Pipelines

テストデータについて

Dockstoreは、テストデータに関する記述もできそうである。

Dockstore

コマンドラインパラメータについて

こういう考え方もある。

titus-blog/2018-our-command-line-patterns.md at add/command_line_patterns · ctb/titus-blog

ビッグデータに関するコーディング

Galaxy の bjorn さんによるコーディングガイド

bgruening/coding_for_big_data: X things you should take into consideration if you code for big data analysis

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