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CWLDay 3

CWL User Guide 3: Essential Input Parameters をやってみた

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CWL User Guide 3: Essential Input Parameters

Common Workflow Language User Guide: Essential Input Parameters

今回は、入力パラメータの取扱について書いてあります

以下のようなことが解説されています。


  • inputs

  • id

  • type

  • class

  • File

  • path

  • inputBinding

  • prefix

  • separate


    • prefixと値を結びつけるときに、空白をいれるかどうかのフラグ



  • baseCommand

  • /tmp ディレクトリはどうしてできるのか?

用語の数は結構ありますが、1つ1つ短い解説なのとサンプルがあるのでよいとおもいます


CWLファイル、inp.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: echo
inputs:
example_flag:
type: boolean
inputBinding:
position: 1
prefix: -f
example_string:
type: string
inputBinding:
position: 3
prefix: --example-string
example_int:
type: int
inputBinding:
position: 2
prefix: -i
separate: false
example_file:
type: File?
inputBinding:
prefix: --file=
separate: false
position: 4

outputs: []


パラメータファイル、inp-job.yml


inp-job.yml

example_flag: true

example_string: hello
example_int: 42
example_file:
class: File
path: whale.txt


実行に必要なファイル whale.txt

空のファイルを

touch whale.txt

で、作ると買いてありました


実行


実行方法

cwltool inp.cwl inp-job.yml


出力

$ cwltool inp.cwl inp-job.yml

/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved 'inp.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/03-input/inp.cwl'
[job inp.cwl] /tmp/tmpY9KcLB$ echo \
-f \
-i42 \
--example-string \
hello \
--file=/tmp/tmpS_fjZW/stg5cd096d0-2e2f-4011-badb-89a51c92a9ed/whale.txt
-f -i42 --example-string hello --file=/tmp/tmpS_fjZW/stg5cd096d0-2e2f-4011-badb-89a51c92a9ed/whale.txt
[job inp.cwl] completed success
{}
Final process status is success


使ったファイル

cwl_user_guide_work/03-input at master · manabuishii/cwl_user_guide_work