はじめに
(追記2018/1/18 大幅更新中)
これは、CWL Advent Calendar 2017 - Qiita と Galaxy Advent Calendar 2017 - Qiita と、２４日目の記事です。
Galaxy で CWL を使うには
現在、CWLが使える Galaxy は、以下の場所で開発されています。
CWLのサポートされたGalaxyについてのドキュメントは、この PullRequest のコメント部分をみてください。このPRで開発が続いています。
Codefest 2018 Winter で、このPRの人に聞いてきました。
試す方法
上で紹介した
によると、以下の手順で起動できます
% git clone https://github.com/common-workflow-language/galaxy.git
% cd galaxy
% git checkout cwl-1.0
% GALAXY_RUN_WITH_TEST_TOOLS=1 sh run.sh
この方法で、Galaxyが立ち上がります。
テストについて
conformance test を実行するためのコマンドがいくつかのっています。
これらを実行するとテストのためにあらたに Galaxy インスタンスをたちあげて、それに対してテストをおこないます。
そのため、メモリの小さなマシンで、Galaxyサーバーを立ち上げた状態でテストを実行すると、メモリが少ないことによるエラーがでます。
中の人にきいたところ、テスト自体は、そんなにメモリを食うものはないので、2GBもあれば、テストで問題がおこることはないのではないかということでした。
もし、Galaxyインスタンスも立ち上げてつつ、テストするなら、2GB*2=4GBくらい確保しておけばよいのかなと思います。
手っ取り早く実行する方法、Vagrant 編
以下の場所に、Vagrantfile を、おいておきました
CWLツールがパネルに表示されなかったので、されるようにしたバージョンをおいておきます。
起動するときに、
TODO: 書いて失った部分を追記する。
TODO: きちんと動くものを作る（どうもいまうまくいっていないが、これは、ブランチをまちがえていたためだとおもわれる）
開発中のレポジトリ