Galaxy
bioinformatics
cwl
GalaxyDay 24

Galaxy で、CWLを試す

はじめに

(追記2018/1/18 大幅更新中)

これは、CWL Advent Calendar 2017 - QiitaGalaxy Advent Calendar 2017 - Qiita と、24日目の記事です。

Galaxy で CWL を使うには

現在、CWLが使える Galaxy は、以下の場所で開発されています。

common-workflow-language/galaxy: Fork of Galaxy (http://galaxyproject.org/) attempting to implement the CWL spec.

CWLのサポートされたGalaxyについてのドキュメントは、この PullRequest のコメント部分をみてください。このPRで開発が続いています。

Implement a subset of the Common Workflow Language. by jmchilton · Pull Request #47 · common-workflow-language/galaxy

Codefest 2018 Winter で、このPRの人に聞いてきました。

試す方法

上で紹介した

Implement a subset of the Common Workflow Language. by jmchilton · Pull Request #47 · common-workflow-language/galaxy

によると、以下の手順で起動できます

% git clone https://github.com/common-workflow-language/galaxy.git
% cd galaxy
% git checkout cwl-1.0
% GALAXY_RUN_WITH_TEST_TOOLS=1 sh run.sh

この方法で、Galaxyが立ち上がります。

テストについて

conformance test を実行するためのコマンドがいくつかのっています。

これらを実行するとテストのためにあらたに Galaxy インスタンスをたちあげて、それに対してテストをおこないます。

そのため、メモリの小さなマシンで、Galaxyサーバーを立ち上げた状態でテストを実行すると、メモリが少ないことによるエラーがでます。

中の人にきいたところ、テスト自体は、そんなにメモリを食うものはないので、2GBもあれば、テストで問題がおこることはないのではないかということでした。
もし、Galaxyインスタンスも立ち上げてつつ、テストするなら、2GB*2=4GBくらい確保しておけばよいのかなと思います。

手っ取り早く実行する方法、Vagrant 編

以下の場所に、Vagrantfile を、おいておきました
CWLツールがパネルに表示されなかったので、されるようにしたバージョンをおいておきます。

起動するときに、

TODO: 書いて失った部分を追記する。
TODO: きちんと動くものを作る(どうもいまうまくいっていないが、これは、ブランチをまちがえていたためだとおもわれる)

開発中のレポジトリ
* manabuishii/vagrant-galaxy-development