qsubして、雑にジョブが終わるまで待つ

概要

何かのジョブを投げるスクリプトなり、コマンドがあって、
それの実行を待ちたいとき、いろいろな方法があるとおもうが、
一つの例。

まとめ

いくつかあるので、それぞれスクリプト例をあげてみる。

ほかに、自分のジョブがなくてただまつだけ

共有計算機であれば、自分のidのジョブだけとかいろいろあるとおもいますが、
今回のは、たんに、qstat の結果だけを利用する。

ジョブのスクリプト

some_jobs_script.sh

# !/bin/bash
sleep 30

ジョブを投げてそれを待つスクリプト

wait.sh

# !/bin/bash


function waitfunction() {
  while :
  do
    RET=$(qstat | wc -l)
    if [ $RET -eq 0 ]; then
      return
    else
      echo "Sleep 5sec"
      sleep 5
    fi
  done
}

echo "Start"
qsub  some_jobs_script.sh
waitfunction
echo "Done"

qstatで出力される特定の文字列がなくなるのを待つ。

ジョブに名前がついていればそれで待つこともできる。
注意点としては、ジョブの名前が長い場合、qstatで出てくるかは、確認する

以下のスクリプトは、

wait_qsub_by_name.sh

# !/bin/bash


function waitfunction_by_jobname() {
  while :
  do
    RET=$(qstat | grep $1 | wc -l)
    if [ $RET -eq 0 ]; then
      return
    else
      echo "Sleep 60sec"
      sleep 60
    fi
  done
}

#
echo "Start"
# 最初の引数($1)の名前がでてこなくなるまで待つ
waitfunction_by_jobname $1
echo "Done"

使い方例

大量のジョブを投げるこのときに、接頭辞などでJOBNAMEをつける。
./wait_qsub_by_name.sh JOBNAME
``

## TODO 特定のjobidをまつ

qsubしたときに、ジョブのIDがわかれば、それをまつことができるのではないか？