CWLで空白を含むファイルを処理したいとき

概要

cwltool は、デフォルトだと、いくつかの文字を禁止文字としている。
空白もその１つである。

ERROR Workflow error, try again with --debug for more information:
Invalid filename: 'a space is here.txt' contains illegal characters

実験装置からでてくるファイルなどに、空白が含まれることもあるので、そのときはどうするか。

結論

cwltool では、以下のオプションをつける

--relax-path-checks