BAMとSAMについて知ったこと

概要

BAMとSAMの関係がどうなっているのかを知りたかった。
理由は、いずれ書く予定

仕様

• Sequence Alignment/Map Format Specification

The SAM/BAM Format Specification Working Group

2 May 2018

最近も更新されているようなので、仕様を調べるときには確認したほうがよい。

まとめ

4 The BAM Format Specification
4.1 The BGZF compression format
BGZF is block compression implemented on top of the standard gzip file format.14 The goal of BGZF is to
provide good compression while allowing efficient random access to the BAM file for indexed queries. The
BGZF format is ‘gunzip compatible’, in the sense that a compliant gunzip utility can decompress a BGZF
compressed file.1

TODO

• ヘッダ部分に書かれている情報を出力してみる。
• 理由を追記する