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CWLで、出力ファイルやディレクトリがどんな構造かわからないときに、調べる方法

Last updated at Posted at 2019-09-10

概要

出力ファイルがどのようになっているか?
出力されるのがディレクトリだが、その構造がわからないので、 outputs で指定するべきものを
記述する方法がわからないときがある

結論

CWLが実行されたディレクトリにあるものを全部とってきてしまう。

outputs:
  out:
    type: Directory
    outputBinding:
      glob: $(runtime.outdir)

とりあえず、何がでてくるかわからないときは、以下のようにして、すべてをキャプチャするという手がある

ツールがうまく言った場合、ランダムな名前のディレクトリが出力されるので、

ls -ltr

などで、タイムスタンプが新しいものを探す。

TODO:
サンプルを作る

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