Common Workflow Language
（追記）2020年12月最新動向の情報は以下を参照するのがよいです。
Common Workflow Language 関連リンク集 (2020年冬)
日本語での紹介
64秒で、CWLを説明する動画（公式、日本語字幕あり）
"Common Workflow Language" explained in 64 seconds - YouTube
ユーザーガイド
実例
- pitagora-galaxy/cwl: Common Workflow Language tools and workflows by Pitagora-Network
- ncbi/pipelines
-
qiime2/q2cwl: Prototype interface for automatically generating CWL tools from QIIME 2 actions
- Qiime2なら、本家にCWLのレポジトリがある
- xDBio-Inc/cwl-source: cwl files, tool and workflow metadata, and input specifications.
-
rawgene/cwl: CWL tools and workflows used in RAWG
- RNA-seq workflows in CWL
CWLの書き方
-
雑に始める CWL！ - Qiita
- 既存のバイオインフォマティクスのツールをCWLにする方法。
-
続・雑に始める CWL！ - Qiita
- 他の事例の紹介
- パイプの使いたいたい時の例など
GUIで、操作するもの
Rabix Composer
Javaだけあれば動きます。
サンプル
grep と wc のサンプルがあるようだ
Docker 使っているようだ
普通のコマンドつかっている？
実行系の一覧
あとは、GitHub トピックスもある。
実行方法
cwltool とか cwl-runner をインストールする
pip install cwltool
pip install cwl-runner
サンプルのワークフローを使えるようにする
git clone https://github.com/common-workflow-language/workflows.git
cd workflows/workflows/hello
使い方は以下にある
workflows/workflows/hello at master · common-workflow-language/workflows
サンプルの実行 hello world
cwl-runner hello.cwl
結果の確認
cat response.txt
期待される結果
Hello World
パラメータをファイルから渡す
cwl-runner hello-param.cwl params.yaml
cat response.txt
期待される結果
Hello, CWL !
Hello World !
パラメータをコマンドラインから渡す
cwl-runner hello-param.cwl --usermessage "Yellow submarine\n"
期待される結果
Yellow submarine
参考情報
こんな実行の仕方もある
ここのサンプルではこんな風に書かれている。
cwltool ~/git/workflows/workflows/hello/hello.cwl#main
CIはどこで行われているか
CWLではないワークフローシステム一覧
2018年5月2日に見た段階では、 210 まできているようです。
Existing Workflow systems · common-workflow-language/common-workflow-language Wiki