CWL User Guide 10: Array Outputs をやってみた

CWL User Guide 10: Array Outputs

Common Workflow Language User Guide: Array Outputs

今回は配列形式や、ワイルドカードで出力を指定できることについて書かれています

この回にでてくる主なキーワード

• glob

CWLファイル、array-outputs.cwl

array-outputs.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: touch
inputs:
  touchfiles:
    type:
      type: array
      items: string
    inputBinding:
      position: 1
outputs:
  output:
    type:
      type: array
      items: File
    outputBinding:
      glob: "*.txt"

パラメータファイル

array-outputs-job.yml

touchfiles:
  - foo.txt
  - bar.dat
  - baz.txt

必要なファイル

実行

実行方法

cwltool array-outputs.cwl array-outputs-job.yml

実行結果

$ cwltool array-outputs.cwl array-outputs-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved 'array-outputs.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/10-array-outputs/array-outputs.cwl'
[job array-outputs.cwl] /tmp/tmpXAVRki$ touch \
    foo.txt \
    bar.dat \
    baz.txt
[job array-outputs.cwl] completed success
{
    "output": [
        {
            "checksum": "sha1$da39a3ee5e6b4b0d3255bfef95601890afd80709",
            "basename": "baz.txt",
            "location": "file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/10-array-outputs/baz.txt",
            "path": "/home/vagrant/cwl_user_guide_work/10-array-outputs/baz.txt",
            "class": "File",
            "size": 0
        },
        {
            "checksum": "sha1$da39a3ee5e6b4b0d3255bfef95601890afd80709",
            "basename": "foo.txt",
            "location": "file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/10-array-outputs/foo.txt",
            "path": "/home/vagrant/cwl_user_guide_work/10-array-outputs/foo.txt",
            "class": "File",
            "size": 0
        }
    ]
}
Final process status is success

実行結果確認

以下の２つの点が確認できます

• baz.txt foo.txt が存在すること
• bar.dat が存在しないこと

$ ls
array-outputs.cwl  array-outputs-job.yml  baz.txt  foo.txt

今回使ったファイル

cwl_user_guide_work/10-array-outputs at master · manabuishii/cwl_user_guide_work