概要
（石井、まだ書きかけです。）
cwltoolの入れ方がいろいろあるので、どれがよいのか、2019
結論
混ぜないほうがよいので、すでに既存環境整備している人は、それを使うのが良いかと思います。
debian/ubuntu の人は、apt
pip の人は、pip
conda の人は、conda
まっさらの人は、、、
debian/ubuntuの場合
apt-get install cwltool
pip の場合
python2系はそろそろサポートがおわるので、
pip3 install cwltool
ただ、このとき、コンパイルが必要なものがあるので、
必要があれば
apt-get install build-essential python3-dev
conda の場合
conda-forgeだと比較的最新版が入るとのこと。