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CWLDay 13

CWL User Guide 12: Environment Variables をやってみた

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CWL User Guide 12: Environment Variables

Common Workflow Language User Guide: Environment Variables

今回は環境変数について書かれています

ツール実行時は、最小限の環境変数のみ、定義されています。
実行環境のみ適用される環境変数を定義することができます。

この回にでてくる主なキーワード

  • EnvVarRequirement

CWLファイル、

env.cwl
#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: env
requirements:
  EnvVarRequirement:
    envDef:
      HELLO: $(inputs.message)
inputs:
  message: string
outputs: []

パラメータファイル

echo-job.yml
message: Hello world!

実行

実行方法

cwltool env.cwl echo-job.yml

実行結果

$ cwltool env.cwl echo-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved 'env.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/12-env/env.cwl'
[job env.cwl] /tmp/tmpz4s5sH$ env
PATH=/home/vagrant/bin:/home/vagrant/.local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
HELLO=Hello world!
TMPDIR=/tmp/tmpHRXOIj
HOME=/tmp/tmpz4s5sH
[job env.cwl] completed success
{}
Final process status is success

今回使ったファイル

cwl_user_guide_work/12-env at master · manabuishii/cwl_user_guide_work