CWLで、cwlファイルをバリデーションする

概要

書いている最中の、 cwl ファイルのバリデーションをしたい。

まとめ

schema_saladを使うとできる。

• common-workflow-language/schema_salad: Semantic Annotations for Linked Avro Data

CommandLineTool でも、 Workflow でも、次のコマンドで、バリデーション可能

schema-salad-tool /path/to/CommonWorkflowLanguage.yml target.cwl

グラフを出力する

コメントでいただいので、サンプルを追記する（予定）

cwltool --print-dot

単純なコマンド出力例

TODO

２つのコマンドがつながっている、ワークフローの出力例

TODO

参考情報

Webで使える viewer

• Common Workflow Language Viewer

ユーザローカルに最先端をいれる

pip install したあととか、versionを確認しておいたほうがよい。

pip install schema-salad --user
git clone https://github.com/common-workflow-language/schema_salad.git
cd schema_salad
python setup.py install --user

debian sid の場合、

~/.local/bin/schema-salad-tool

に、インストールされていた

Mac

以下のエラーがでている。

$ python setup.py install --user
error in schema-salad setup command: Invalid environment marker: python_version>="3"

開発版自分メモ

リロードは、コマンドパレットから、Window Reload