CWL User Guide 6: Parameter References をやってみた

CWL User Guide 6: Parameter References

Common Workflow Language User Guide: Parameter References

今回は、パラメータを別の場所からもってくる方法について書かれています
またさらっとですがJavascript 文法のサブセットを使うことが示されています

第４回で作った hello.tar を一回消してあらたにつくるという流れで紹介されています。

この回にでてくる主なキーワード

• $(...) Javascript

CWLファイル、tar-param.cwl

tar-param.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: [tar, xf]
inputs:
  tarfile:
    type: File
    inputBinding:
      position: 1
  extractfile:
    type: string
    inputBinding:
      position: 2
outputs:
  example_out:
    type: File
    outputBinding:
      glob: $(inputs.extractfile)

パラメータファイル tar-param-job.yml

tar-param-job.yml

tarfile:
  class: File
  path: hello.tar
extractfile: goodbye.txt

必要なファイル

touch goodbye.txt && tar -cvf hello.tar goodbye.txt

実行

実行前確認

goodbye.txt がないことを確認しておく

$ rm goodbye.txt
$ ls goodbye.txt
ls: cannot access 'goodbye.txt': No such file or directory

実行方法

cwltool tar-param.cwl tar-param-job.yml

実行結果

$ cwltool tar-param.cwl tar-param-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved 'tar-param.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/06-params/tar-param.cwl'
[job tar-param.cwl] /tmp/tmpPxBToM$ tar \
    xf \
    /tmp/tmpeStGJP/stg5a9b22b8-fb0a-4b3f-8b20-5a35736060c7/hello.tar \
    goodbye.txt
[job tar-param.cwl] completed success
{
    "example_out": {
        "checksum": "sha1$da39a3ee5e6b4b0d3255bfef95601890afd80709",
        "basename": "goodbye.txt",
        "location": "file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/06-params/goodbye.txt",
        "path": "/home/vagrant/cwl_user_guide_work/06-params/goodbye.txt",
        "class": "File",
        "size": 0
    }
}
Final process status is success

実行結果確認

goodbye.txt ができたことが確認できた

$ ls goodbye.txt
goodbye.txt

今回使ったファイル

cwl_user_guide_work/06-params at master · manabuishii/cwl_user_guide_work