CWL User Guide 9: Array Inputs をやってみた

CWL User Guide 9: Array Inputs

Common Workflow Language User Guide: Array Inputs

今回は、入力のパラメータを配列形式での受け付けが可能だとのべられています。
パラメータをカンマでつなげるとか、パラメータそれぞれに prefix をつけるなど、そういったことができるということについて書かれています

この回にでてくる主なキーワード

• type
• type: array
• items
• inputBinding
• itemSeparator

CWLファイル、array-inputs.cwl

array-inputs.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
inputs:
  filesA:
    type: string[]
    inputBinding:
      prefix: -A
      position: 1

  filesB:
    type:
      type: array
      items: string
      inputBinding:
        prefix: -B=
        separate: false
    inputBinding:
      position: 2

  filesC:
    type: string[]
    inputBinding:
      prefix: -C=
      itemSeparator: ","
      separate: false
      position: 4

outputs: []
baseCommand: echo

パラメータファイル array-inputs-job.yml

array-inputs-job.yml

filesA: [one, two, three]
filesB: [four, five, six]
filesC: [seven, eight, nine]

実行

実行方法

cwltool array-inputs.cwl array-inputs-job.yml

実行結果

$ cwltool array-inputs.cwl array-inputs-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved 'array-inputs.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/09-array-inputs/array-inputs.cwl'
[job array-inputs.cwl] /tmp/tmpUT2B6w$ echo \
    -A \
    one \
    two \
    three \
    -B=four \
    -B=five \
    -B=six \
    -C=seven,eight,nine
-A one two three -B=four -B=five -B=six -C=seven,eight,nine
[job array-inputs.cwl] completed success
{}
Final process status is success

　今回使ったファイル

cwl_user_guide_work/09-array-inputs at master · manabuishii/cwl_user_guide_work