condaで、設定されているチャンネルの確認方法など

概要

biocondaを使うに辺り、いくつか困ったので、それについての調査

• 設定されているチャンネルの確認
• システムワイド（個人の環境ではない）に設定されているチャンネルの設定及び確認
• 個人のチャンネル設定の情報がどこに書かれるか

結論

個人環境に設定されているチャンネルの確認

conda config --get channels

システムワイド（個人の環境ではない）に設定されているチャンネルの設定及び確認

--system をつければ良いようだ

システムワイドのチャンネル設定の確認

conda config --get channels --system

システムワイドのチャンネルの追加

conda config --add channels conda-forge --system
conda config --add channels defaults --system
conda config --add channels r --system
conda config --add channels bioconda --system

個人のチャンネル設定の情報がどこに書かれるか

~/.condarc に書かれる

ここに、直接書いて設定をすることもできる

~/.condarc

channels:
  - bioconda
  - r
  - conda-forge
  - defaults