CaboCha を Python で使う際に cabocha-python を以下のようにインストールしています。
$ cd cabocha-0.69/python/
$ python3 setup.py install
この際、以下のようなエラーが発生する場合があります。
fatal error: Python.h: No such file or directory
このような場合は python-dev などの開発用パッケージのインストール状況を見直してみると正常にインストールできる場合があります。
$ sudo apt-get install python-dev
Python のバージョンによって必要なパッケージが変わるらしく、
$ sudo apt-get install python3-dev
$ sudo apt-get install python3.6-dev
などと状況によっていくつか試してみると良いと思います。
参考になった記事
fatal error: Python.h: No such file or directory
pipでインストール中にエラー「Python.h: そのようなファイルやディレクトリはありません」