調査結果
2020年6月1日時点では、Snowflakeにて、ユーザーへのMFA（多要素）の認証の自動化を実施できないようです。
根拠は下記記載内容ですので、最新情報はドキュメントをご確認ください。
ただし、現時点では、ユーザーは自動的に MFA に登録されません。MFA を使用するには、ご自身でご登録ください。
引用元：多要素認証（MFA）
関連情報
"ALTER USER"にて、"DISABLE_MFA"というプロパティがあるのですが、無効化を実施するだけのようです。
ユーザーの MFA を無効化して、登録を事実上キャンセルします。MFA を再度使用するには、再登録する必要があります。
引用元：多要素認証（MFA）
私見
”現時点では”との記載から、今後は自動で付与できるようになるのかもしれません。