答え

bin/cake bake template table_name -t theme_name

やっていたこと

bootstrap_cli.php で複数の Theme を利用していた。

config/bootstrap_cli.php

// template 生成用のテーマ (AdminLTE 専用)
Configure::write('Bake.theme', 'AdminLteTheme');

// Model 生成用のテーマ
Configure::write('Bake.theme', 'GenerationGapModelBaker');

オプションなしで bake で template 生成

vendor/cakephp/bake/templates/bake/Template 配下の twig が適用され、bootstrap_cli.php で Configure::write したテーマが適用されなかった。

bin/cake bake template table_name

原因

テーマは vendor/cakephp/bake/src/Command/TemplateCommand.php の TemplateRenderer($args->getOption('theme')); で最後に追加したテーマを適用する。
結果として別の　twig、または vendor 配下の FW の twig が適用される。

vendor/cakephp/bake/src/Command/TemplateCommand.php

    public function getContent(Arguments $args, ConsoleIo $io, string $action, ?array $vars = null)
    {
        if (!$vars) {
            $vars = $this->_loadController($io);
        }

        if (empty($vars['primaryKey'])) {
            $io->error('Cannot generate views for models with no primary key');
            $this->abort();
        }

        // 最後に追加したテーマを適用
        $renderer = new TemplateRenderer($args->getOption('theme'));
        $renderer->set('action', $action);
        $renderer->set('plugin', $this->plugin);
        $renderer->set($vars);

        $indexColumns = 0;
        if ($action === 'index' && $args->getOption('index-columns') !== null) {
            $indexColumns = $args->getOption('index-columns');
        }
        $renderer->set('indexColumns', $indexColumns);

        return $renderer->generate("Bake.Template/$action");
    }

対応

テーマ名をオプションで指定する。

bin/cake bake template table_name -t theme_name

help 見よう

help をちゃんと読んでいなかった…
default と、選択可能なテーマ choices がわかる。

$ bin/cake bake template --help
(中略)
--theme, -t          The theme to use when baking code.
                     (default:
                     GenerationGapModelBaker)
                     (choices:
                     AdminLTE|Bake|GenerationGapModelBaker|Migrations)

複数テーマ利用例

plugins 配下の構成

bake 自動ファイル生成用に、複数の twig を plugins 配下に作成

template 用
model 用

実際に、AdminLTE テーマに対応した template 生成用の twig ファイルと、カスタマイズした model を生成する twig ファイルを共存した例です。
（GenerationGapModelBaker は現在はパッケージ化してます）

$ pwd
~/www/app/plugins
$ pwd;find . | sort | sed '1d;s/^\.//;s/\/\([^/]*\)$/|--\1/;s/\/[^/|]*/|  /g'
|--AdminLteTheme
|  |--templates
|  |  |--bake
|  |  |  |--Template
|  |  |  |  |--add.twig
|  |  |  |  |--edit.twig
|  |  |  |  |--index.twig
|  |  |  |  |--view.twig
|--GenerationGapModelBaker
|  |--templates
|  |  |--bake
|  |  |  |--Model
|  |  |  |  |--entity.twig
|  |  |  |  |--extended_entity.twig
|  |  |  |  |--extended_table.twig
|  |  |  |  |--table.twig