Macにて。
デフォルトでFileTemplates -> includes -> File Headerに記述がある通りにコメントが入るけど、
${USER} という変数はどこから…？
デフォルトではログインユーザ名になっているようだが、変更できる。
下記ファイルを編集する。AndroidStudio起動時にjvmに渡すパラメータのようだ。
/path/to/Android\ Studio.app/Contents/bin/studio.vmoptions
-Duser.name=My New Name
これでAndroidStudioにユーザ名が渡る模様。
また直接試していないが、テンプレート内で
#set ($USER = "My New Name")
などとすることで、テンプレート内変数を上書きできる模様。
これでも実現できそうだ。