1.Githubの設定(2段階認証)
2.GithubにProjectA,ProjectBというリポジトリを作成済み。
3.SourceTreeにはProjectAのローカルリポジトリがある。
4.ProjectBのクローンを実行する
5.取得される情報がProjectAの内容。
6.フォルダの中もProjectAのファイルやソースが入っている。

同フォルダ内や、別フォルダに変えてみましたが、何故かProjectAのデータが取得されます。

対処方法を教えてください。

解決しました。
ターミナルで確認したところ、ターミナル全体でProjectAを使用するように
remote.origin.urlのurlがなっていました。
そのため

git config --global --unset remote.origin.url

のコマンドでセットされていたURLを削除したところ、ProjectBがクローンされました。