上記の記事を参考に私の環境でも設定を行ってみたのですが、window名がうまく復元できない場合がありました。

以下のようなケース（window名については適当です）

windowを複数（window1,window2）を開いている
- window1は「ECサイト開発」、window2は「Androidアプリ開発」というwindow名を設定しておく
window1で開発用サーバへssh接続
- window1が「dev_server0001」というwindow名に切り替わる
window2に切り替えて別の作業
タイムアウトが原因でwindow1のsshがいつの間にか切断されている
- window1は「dev_server0001」のままで、window2が「ECサイト開発」というwindow名に切り替わる

理想の動き

4のタイミングでこうなるのが理想です。

操作しているwindowはwindow2だが、window1のwindow名が「ECサイト開発に戻る」

いろいろ試行錯誤

renameする対象windowを指定することが出来ないかなーと公式のマニュアルを見てみる。

rename-windowコマンド

なにやら使えそうなオプションを発見。tmux rename-window -tで指定できそう
http://man.openbsd.org/OpenBSD-current/man1/tmux.1

rename-window [-t target-window] new-name
(alias: renamew)
Rename the current window, or the window at target-window if specified, to new-name.

display-messageコマンド

dispalyってaliasだったんですね。
http://man.openbsd.org/OpenBSD-current/man1/tmux.1

display-message [-p] [-c target-client] [-t target-pane] [message]

(alias: display)
Display a message. If -p is given, the output is printed to stdout, otherwise it is displayed in the target-client status line. The format of message is described in the FORMATS section; information is taken from target-pane if -t is given, otherwise the active pane for the session attached to target-client.

更に引数でどの情報を表示するのか？を指定できるらしい。
http://man.openbsd.org/OpenBSD-current/man1/tmux.1#FORMATS

window_id Unique window ID
window_name #W Name of window

ということはtmux display -p '#{window_id}'でwindow_idを退避しておけば、window名復元時に対象を指定できるはず！！

上記調査を基に.bashrcを修正

.bashrc

# ssh接続、切断時にtmuxウィンドウ名を動的に変更する
function ssh() {
        # tmux起動時
        if [[ -n $(printenv TMUX) ]]
        then
                # 現在のwindow名を退避
                local window_name=$(tmux display -p '#{window_name}' )
                local window_id=$(tmux display -p '#{window_id}' )
                # 通常通りssh続行
                command ssh $@
                # 退避していたwindow名を復元
                tmux rename-window -t $window_id $window_name
        else
                command ssh $@
        fi
}

これで理想の動きを実現できました。