AWS RDS PostgreSQLではRDKit Database Cartridgeのいくつかのパラメータはバージョンによっては変更を制限されている

前提知識

• RDKit: ケモインフォマティクスのpythonのオープンソースライブラリ
  • https://www.rdkit.org/docs_jp/Getting_Started_with_RDKit_in_Python_jp.html
• RDKit Database Cartridge: RDKitのPostgresql拡張。構造検索, fingerprints算出が可能
  • https://www.rdkit.org/docs_jp/The_RDKit_database_cartridge_jp.html
    • RDKit Database Cartridge 類似構造検索のパラメータ：
    • https://www.rdkit.org/docs_jp/The_RDKit_database_cartridge_jp.html#id14

RDKit Database Cartridgeのパラメータには変更可能・変更不可能なものがある

• 今回問い合わせたのは、fingerprints算出のbit値を設定するパラメータrdkit.morgan_fp_sizeが、AWS RDS PostgreSQL ver.12.12ではSQLコマンドの挙動から変更不可能なように見えたため

• Supportの回答では、PostgreSQL 11.22, 12.17, 13.13, 14.10, 15.5 or any version of 16でexposeされているため変更可能とのことだった

  • リリースノートでは↓のような書き方をされているが、このexpose(公開された) の記載があるバージョンのみがexposeされているため変更可能ということらしい
    

• また、挙動的にSELECT * FROM pg_show_all_settings() WHERE name LIKE 'rdkit%';で取得したパラメータのうち、context列の値がuserのものは変更できるが、internalのものは変更できないようだった

感想

・あんまり軽々しくいじれるとユーザーの混乱を招くとRDKit Github Issueでコメントされていましたが、いざいじろうと思ったときどこを見ればいいのかわからなくて困りました。
・皆様のAWS語の習熟の一助となれば幸いです

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Writted by J.H(20代／入社3年目)