phpでフォルダごと圧縮した場合がある。
そんな時は、linux コマンドを使うべき。


//$dir 取得したいフォルダパス
//$zipFileSavePath 一時、zipを保存しておくフォルダパス
function getZip($dir,$zipFileSavePath){

 // zipファイル名
    $fileName = "zipFile".time();
// 圧縮対象フォルダ
    $compressDir = $dir;

// コマンド
// cd：ディレクトリの移動
// zip:zipファイルの作成
    $command =  "cd ". $compressDir .";".
        "zip -r ". $zipFileSavePath . $fileName .".zip .";

// Linuxコマンドの実行
    exec($command);

// 圧縮したファイルをダウンロードさせる。
    header('Pragma: public');
    header("Content-Type: application/octet-stream");
    header("Content-Disposition: attachment; filename=".$fileName.".zip");
    readfile($zipFileSavePath.$fileName.".zip");

//    消す
    unlink($zipFileSavePath.$fileName.".zip");
}

cakephp3の場合の使い方


        getZip(WWW_ROOT.'files/templates/hogedir,WWW_ROOT.'files/');

こんな感じかな。