GNU global (gtags) で使われる設定ファイルの順番は以下の通り。いずれも存在しない場合は gtags 自身に組み込まれている？初期値が使われる。
https://www.gnu.org/software/global/manual/global.html#DESCRIPTION-7

gtags --config で、今いるディレクトリでの設定を見ることができる。

gtags のソースコードをダウンロードして解凍すると、トップディレクトリに gtags.conf がある。こんな感じのフォーマットで gtags の設定を行うらしい。termcap と同じような感じと書いてあるが、termcap が分からない。
https://ftp.gnu.org/pub/gnu/global/

恐らくだけれど、複数の設定をラベルとして持つことができる。初期値は 'default' で、設定ファイルには少なくとも 'default' ラベルの設定が必要なようだ(ないと怒られる)。ラベルの選択は --gtagslabel や $GTAGSLABEL でできる。

default:\
	:tc=native:

tc は "他のエントリから端末の説明を読む込む" と書いてある。source とか include みたいなものだろう。
https://kazmax.zpp.jp/cmd/t/termcap.5.html

native:\
	:tc=gtags:tc=htags:

さらに gtags と htags から読み込む。htags のほうは空だった。

gtags:\
	:tc=common:\
	:tc=builtin-parser:

common と builtin-parser から読み込む。

common:\
	:skip=HTML/,HTML.pub/,tags,TAGS,ID,y.tab.c,y.tab.h,gtags.files,cscope.files,cscope.out,cscope.po.out,cscope.in.out,SCCS/,RCS/,CVS/,CVSROOT/,{arch}/,autom4te.cache/,*.orig,*.rej,*.bak,*~,#*#,*.swp,*.tmp,*_flymake.*,*_flymake,*.o,*.a,*.so,*.lo,*.zip,*.gz,*.bz2,*.xz,*.lzh,*.Z,*.tgz,*.min.js,*min.css:

common にはどんなパターンを skip するかが書いてある。
https://www.gnu.org/software/global/manual/global.html#CONFIGURATION-1

builtin-parser:\
	:langmap=c\:.c.h,yacc\:.y,asm\:.s.S,java\:.java,cpp\:.c++.cc.hh.cpp.cxx.hxx.hpp.C.H,php\:.php.php3.phtml:

builtin-parser には、どんな拡張子をどんな言語として扱うかが定義してある。

default についてまとめるとこんな感じ。最小構成で独自の設定を書きたいときはこれを真似て書けばよい。

default:\
	:langmap=c\:.c.h,yacc\:.y,asm\:.s.S,java\:.java,cpp\:.c++.cc.hh.cpp.cxx.hxx.hpp.C.H,php\:.php.php3.phtml:
	:skip=HTML/,HTML.pub/,tags,TAGS,ID,y.tab.c,y.tab.h,gtags.files,cscope.files,cscope.out,cscope.po.out,cscope.in.out,SCCS/,RCS/,CVS/,CVSROOT/,{arch}/,autom4te.cache/,*.orig,*.rej,*.bak,*~,#*#,*.swp,*.tmp,*_flymake.*,*_flymake,*.o,*.a,*.so,*.lo,*.zip,*.gz,*.bz2,*.xz,*.lzh,*.Z,*.tgz,*.min.js,*min.css:

カンマ区切りはバックスラッシュで？分けることができるみたいだ。こっちのほうが見やすそう。

default:\
    :langmap=c\:.c.h\
    :langmap=yacc\:.y\
    :langmap=asm\:.s.S\
    :langmap=java\:.java\
        :