vagrant コマンドは、裏で仮想マシンにsshログインして色々していますが、そのログインユーザを変更したかったため方法をメモしておきます。
対象の仮想マシンの Vagrantfile 内で
config.ssh.private_key_path = "鍵のパス"
config.ssh.username = "使用したいユーザ名"
とすることで、設定を上書きすることができます。
vagrant ssh すると、正しくユーザが変更されていることがわかります。
ただし、設定したユーザが NOPASSWD で sudo できないと、他の vagrant コマンドで色々問題が発生すると思われます。