少し前から Oculus Integration の手動アップグレード時にエラーが出て自動で Exit Safe Mode しなくなっている模様。
以下は v53.1 に上げたときにコンソールに挙がったもの。

Assets\Oculus\Platform\Scripts\Callback.cs(89,25): warning CS0414: The field 'Callback.hasRegisteredRoomInviteNotificationHandler' is assigned but its value is never used

Assets\Oculus\VR\Scripts\OVRVirtualKeyboard.cs(175,19): warning CS0414: The field 'OVRVirtualKeyboard.scale_' is assigned but its value is never used

Assets\Oculus\Interaction\Runtime\Scripts\PoseDetection\Debug\ActiveStateModel.cs(92,62): error CS0246: The type or namespace name 'SequenceActiveState' could not be found (are you missing a using directive or an assembly reference?)

Assets\Oculus\Interaction\Runtime\Scripts\PoseDetection\Debug\ActiveStateModel.cs(94,63): error CS0246: The type or namespace name 'SequenceActiveState' could not be found (are you missing a using directive or an assembly reference?)

Assets\Oculus\Interaction\Runtime\Scripts\PoseDetection\FingerFeatureStateProvider.cs(82,20): error CS0246: The type or namespace name 'FingerFeatureStateThresholds' could not be found (are you missing a using directive or an assembly reference?)

Assets\Oculus\Interaction\Runtime\Scripts\PoseDetection\TransformFeatureStateProvider.cs(57,16): error CS0246: The type or namespace name 'TransformFeatureStateThresholds' could not be found (are you missing a using directive or an assembly reference?)

Assets\Oculus\VR\Editor\OVRProjectSetup\Telemetry\OVRProjectSetupTelemetryEvent.cs(75,18): warning CS0414: The field 'OVRProjectSetupTelemetryEvent._sent' is assigned but its value is never used

Exit Safe Mode して、利用統計の承認と、各種プラグイン等のアップデートの承認のダイアログを抜け、Interaction SDK の Clean Up を抜けるとエラーが消える。

解決法発見の経緯

自分のプロジェクトでは Interaction SDK は使ってないのであとでフォルダごと消そうと思ってそのまま進めた。
すると、例のダイアログの嵐を抜けたらエラーが消えてた。
以上。

補足

Interaction SDK の Clean Up を

なにが原因でそうなってるのか知らないけど、自分の環境では毎回このダイアログが出る。
フォルダ階層に破壊的変更があったっぽいけど、全削除してから再インポートしてるのに毎回これが出る理由は謎。