CWLのインプットにwildcard(glob)を使いたい

背景

• 2021/01/13 追記
• 2021/03/08 コマンドライン上で実行する方法を追記

CWL(Common Workflow Language)で作られたスクリプトは、type: File[]とすることで複数ファイルを入力パラメータとして入力することが可能です。
ただし、*.txtのようにwildcard(glob)を入力とした実行は、CWLでは考えられておらずユーザー側で対処する必要があります。

解決策

1. 変数に配列として代入後、引数付きで変数展開する

手軽に実行するならこれが一番手っ取り早いです。

a=(fuga.*)
cwltool hoge.cwl ${a[@]/#/--infile }
# cwltool hoge.cwl --infile fuga.1 --infile fuga.2 --infile fuga.3 という形になる

2. yml形式に出力してymlで実行

以下のワンライナーを実行するか、関数にして使ってください

ls *.* | awk '{print "- class: File"; print "  path: " $0}'
or 
ls2cwlyml() {　ls $@ | awk '{print "- class: File"; print "  path: " $0}'}
ls2cwlyml *.*

以下のように出力されるので、cwl実行用のymlに貼り付けてください

- class: File
  path: README.md
- class: File
  path: RT.png
- class: File
  path: log.txt

3. glob用のcltを使う

以下のCLTをWFに組み込んで使う。
出力がtype: File[]になるので、次のCLTにファイルとして渡すことができます。

glob.cwl

#!/usr/bin/env cwltool
class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.0
baseCommand: echo
arguments: 
    - "glob $(inputs.glob_glob.basename) in"
inputs:
    glob_root:
        type: Directory
        inputBinding:
            position: 1
    glob_glob:
        type: string
outputs:
    glob_file:
        type: File[]
        outputBinding:
            glob: $(inputs.glob_root.basename)/$(inputs.glob_glob)
requirements:
    InitialWorkDirRequirement:
        listing:
            - $(inputs.glob_root)

cwltool glob.cwl --glob_root hoge --glob_glob "*.txt"