GAMESSのインストール

GAMESSでテストを終わらせられるようになるまで

GAMESSのダウンロード

$ wget {tarファイルのURL} --http-user=source --http-passwd={登録でもらったパスワード}

とかでダウンロード後、

$ tar xvzf gamess-xx.tar

で解凍

MKLのインストール（Intelへの登録が必要）

http://www2.rikkyo.ac.jp/~tokiwa/menu/bioLib/library/mkl/mkl.html
https://software.intel.com/en-us/articles/installing-intel-free-libs-and-python-apt-repo

ついでにIMPIもインストールしてもいいかも

コンパイラの準備

今回はspackからgccをインストール(一緒にgfortranがインストールされる)
https://github.com/spack/spack
sudoではインストールできないので個人のフォルダに入れること

$ git clone https://github.com/spack/spack.git
$ cd spack/bin
$ ./spack install gcc

コンパイラのパスを通す

先ほどインストールしたコンパイラはspackのoptディレクトリに入っている。

$ PATH={spackのディレクトリ}/opt/spack/{システム名}/gcc-xx/gcc-xx-xx/bin:$PATH
$ export PATH

configとcompファイルの書き換え

最新版のgcc(gfortran)だとconfigで蹴られるので良しなにしてもらえるよう版に応じて適宜書き換える。
linux64のcaseの中を書き換えてください。

config(修正前)

switch ($GMS_FORTRAN)
   case gfortran:
      echo "gfortran is very robust, so this is a wise choice."
      (省略)
      switch ($GMS_GFORTRAN_VERNO)
         case 4.1:
      (省略)
         case 7.2:
            echo "   Good, the newest gfortrans can compile         REAL*16 data type."
            breaksw
         case 7.3:
         case 7.4:
         default:
      (省略)

config(修正後)

switch ($GMS_FORTRAN)
   case gfortran:
      echo "gfortran is very robust, so this is a wise choice."
      (省略)
      switch ($GMS_GFORTRAN_VERNO)
         case 4.1:
      (省略)
         case 7.2:
         case 7.3:
            echo "   Good, the newest gfortrans can compile         REAL*16 data type."
            breaksw
         case 7.4:
         default:
      (省略)

comp(修正前)

if ($TARGET == linux64) then
      (省略)
   switch ($GMS_FORTRAN)

   case gfortran:
      (省略)
      switch ($GMS_GFORTRAN_VERNO)
         case 4.0:
      (省略)
　　　　　case 7.1:
         case 7.2:
            set EXTRAOPT="$EXTRAOPT -w -fno-aggressive-loop-optimizations -funconstrained-commons"
            breaksw
         case 7.3:
         case 7.4:
         default:
            echo Unrecognized gfortran version for linux64
            exit 4
            breaksw
      endsw

comp(修正後)

if ($TARGET == linux64) then
      (省略)
   switch ($GMS_FORTRAN)

   case gfortran:
      (省略)
      switch ($GMS_GFORTRAN_VERNO)
         case 4.0:
      (省略)
　　　　　case 7.1:
         case 7.2:
         case 7.3:
            set EXTRAOPT="$EXTRAOPT -w -fno-aggressive-loop-optimizations -funconstrained-commons"
            breaksw
         case 7.4:
         default:
            echo Unrecognized gfortran version for linux64
            exit 4
            breaksw
      endsw

（任意）プロファイル用のフラグを追加しておく

GMS_DEBUG_FLAGSを立てたときに-pgフラグが入るようにする

comp(修正前)

if ($?GMS_DEBUG_FLAGS == 0) then
   set GMS_DEBUG_FLAGS=''
endif

comp(修正後)

if ($?GMS_DEBUG_FLAGS == 0) then
   set GMS_DEBUG_FLAGS='-pg'
endif

リンク用のプログラムを書き換える

-ldlを付けないとmklを入れることが出来ないため、これを追加する。
上と同様、GMS_DEBUG_FLAGSを立てたときに-pgフラグが入るようにする

lked(修正前)

set EXTRA_LINK_FLAGS=''
set EXTRA_MPI_LIB_FLAGS=''

lked(修正後)

set EXTRA_LINK_FLAGS='-ldl'
set EXTRA_MPI_LIB_FLAGS=''
if ($?GMS_DEBUG_FLAGS == 0) then
   set EXTRA_MPI_LIB_FLAGS='-pg'
endif

config実行

$ ./config

インタラクティブに環境を聞いてくれるのでそれに従う。
今回、ddiはsocketsを利用

ddiのコンパイル

socketsの場合、生成したddikick.xをgamessのフォルダに移す。

$ cd ddi
$ ./compddi
$ mv ddikick.x ..
$ cd ..

(ddi関連のエラーが出たら)/etc/hostsに自分のhostnameが無い場合嵌るので追加しておく。ホストネームはhostnameと打てば出てくる。

/etc/hosts

127.0.0.1   {自分のhostname} localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4

service restart network

(プロファイルしたいとき)install.infoにGMS_DEBUG_FLAGSを書き加える

install.info

追加
setenv GMS_DEBUG_FLAGS     1

実行時に生成したgmon.outを使って

gprof ./gamess.xxx.x　gmon.out -p

などとすると、どの関数の計算で時間が掛かっているか分かる

make実行

$ make

テスト実行

$ make test

テストが新しくなっているらしい

Makeでやる方

Makefile.inに内容が書かれている
The new CHECKTEST

Exam inputs are divided into subdirectory collections. The inputs in the "standard" directory are default.
More directories can be added to easily run all tests of a certain classification such as "mp2" or "gradient". Soft links can be used if one wishes to place the same input file in two classifications.
To run a different subdirectory, specify the name on the command line

make checktest EXAM_PATH=mp2

The target "checktest" will run the exam inputs and perform the error checking. If an examXX.log file exists, it will not be rerun but only check. If the user wishes to only a few of the exams with in the chosen $(EXAM_PATH):

make checktest EXAMS=exam05
make checktest EXAMS="exam05 exam30"

To add new exam, two files are required. The chkabs script in the standard subdirectory is used by default. It is recommended that names of your input files do not exceed 10 characters. Any further characters will be dropped from the output of make checktest.

The input
   $(GMS_PATH)/tests/$(EXAM_PATH)/mytest.inp
The script (use already standard/scripts/examXX scripts as templates)
   $(GMS_PATH)/tests/$(EXAM_PATH)/scripts/mytest

The new exam can be run and tested by itself

   make checktest EXAM_PATH=mytests EXAMS=mytest

補足

普通に計算するとき
rungmsを書き換えてパスを通す

rungms

下のように修正
set TARGET=sockets
set SCR=/scr/$USER
set USERSCR=/home/$USER/scr
set GMSPATH=/opt/gamess

参考